股東資格確權糾紛和股權轉讓糾紛性質上不屬於同一類法律關系，股東資格確權糾紛以公版司為被告權，與案件爭議股權有利害關系的人作為第三人參加訴訟。而股權轉讓糾紛是股東之間、股東與非股東之間進行股權轉讓而發生的糾紛，公司並不參與訴訟。
在實務操作中，股東資格確認是股權轉讓的前提，如果在股權轉讓糾紛中，一方或第三方提出轉讓方股東資格爭議，法院可終止審理股權轉讓糾紛，也可不中止。
B. 股權轉讓糾紛中存在哪些疑難問題
您好，
一、股東資格的認定標准
1、在股權原始取得的前提下，未到工商局登記備案的修改後公司章程，效力如何?
析：審核該公司章程是否經過代表2/3以上表決權的股東同意變更，如經過同意變更，則在公司內部產生效力，不產生對抗公司外部的效力。
2、股權能否轉為債權?能否由控股股東和某股東簽訂退股，即轉為借款關系，將股權關系轉為債權?
析：不能，如未經減資或內部股東會決議，通知債權人等法定程序，直接將股權轉為債權關系，將導致股東可以隨便退股，不利於公司內外部的穩定。
3、在原始取得的情況下，公司設立時即取得股權與公司成立後通過增資擴股取得的股權，工商登記備案對章程效力的影響?
析：前者具備發起人出資、章程、股東名冊，到工商登記備案後取得股東資格，此時工商登記備案是取得股東資格的生效條件，不備案，章程無效。
後者涉及出資是否為取得股東資格的必備條件?出資是實質條件，目前分實繳出資、認繳出資。主流觀點以形式要件為主。形式要件即股東會決議、出資證明書、股東名冊、修改章程等，只要能證明其是股東即可。此時修改後的公司章程未登記備案的，對內有效，不能否認章程中記載的股東的資格，登記備案僅是對抗效力。
4、繼受取得股權中，有償股權轉讓時，受讓人何時取得股權，即何時承擔股東的權利義務?
析：目前有意思主義、形式主義的不同觀點。主流觀點為形式主義，即登記生效主義，股權轉讓合同生效不代表股權變動，需記載於股東名冊，工商登記備案，或者提供變更的章程、存在股東會決議、以股東身份參與股東會等佐證時，承擔股東的權利義務。
5、特別提示
①公司負有向受讓人變更工商登記、記載於股東名冊的義務。
②轉讓人負有向公司通知股權轉讓事宜的義務。
③如發生糾紛，受讓人可以公司為被告提起訴訟，如轉讓人未完全履行轉讓合同，則可以公司和轉讓人為被告，而僅以轉讓人為被告提起訴訟，可能訴訟主體存在問題。
④關於公司內部事務上，如股東名冊和工商登記不一致，以股東名冊為准;外部事宜，如股東名冊和工商登記不一致，應以公示公信原則，以工商登記為准。
二、瑕疵股權轉讓
1、瑕疵出資是否認可其股東資格?瑕疵股權能否轉讓?
析：以形式主義認可其股東資格。此時轉讓瑕疵股權屬於有權處分，即不適用善意取得制度。
2、瑕疵股權受讓人能否取得股東資格，是否應承擔股東義務?
析：主要存在有效、無效、可撤銷學說，主流觀點是先分析受讓人的主觀狀態，後確認有效或可撤銷。如受讓人知道或應當知道受讓的股權存在瑕疵，自甘冒險，則該股權轉讓合同屬於有效合同，受讓人應承擔相應責任。如受讓人被欺詐或從常理認為其不可能知道的，則屬於可撤銷合同。
3、瑕疵股權轉讓後轉讓人應承擔的責任?
析：①對公司，應補足出資。因出資是股東法定義務，故不享有訴訟時效抗辯。未及時補足，可通過股東會決議，解除其股東資格。如公司大股東擁有2/3以上表決權，則因其屬於利害關系人，應不參與該股東會決議(實踐中能否實現，需視具體情況而定)。
可對瑕疵出讓股東權利進行限制。如在章程中或股東會決議，限制其股權收益權、清算解散時剩餘財產分配權、新增股份時限制其優先認購的權利等。
②對其他股東而言，應當向已按期足額繳納出資的股東承擔違約責任。
③對受讓人，應承擔買賣瑕疵擔保責任。
④對公司債權人而言，債權人可要求該股東在瑕疵出資的本息范圍內對公司不能清償的債務承擔補充賠償責任。
4、瑕疵股權轉讓後受讓人應承擔的責任?
析：如受讓人為善意的，不知或不應知道受讓股權有瑕疵的，受讓人不承擔責任。如受讓人知道有瑕疵還受讓的，則其應和瑕疵股權的轉讓人承擔連帶責任。
5、能否對瑕疵股權受讓人的股權設置限制(如利益分配、財產有限分配等權利)?
析：依據後手取得的權利不能大於前手的理論基礎，可以追及至受讓人，但受讓人可不對其他股東承擔違約責任。
三、股東名實不符時的股權轉讓糾紛
1、特別提示
①隱名和顯名股東的關系，可參考信託關系，依據信託原理來處理。
②顯名股東根據外觀條件，推定為股東。
③顯名股東取得了名義上的股權，但其股權受到一定的限制，特別是其股權處分權。
④隱名股東不享有顯名股東的法律地位，隱名股東為實際出資人或實際投資人，可享有股份所帶來的權益(收益權等)。
2、隱名股東要求顯名，如何處理?
析：欲顯名，需其他股東半數以上同意，可顯名。如其他股東事先不知道其隱名股東身份，事後也不同意顯名的，則隱名股東顯名不成。可依據其與顯名股東之間的協議解決。
3、實際出資的隱名股東轉讓股權，效力如何?
析：因實際出資人不顯示為公司股東，從外觀形式上不享有股權，不能使受讓人取得股權，公司可以股東名冊的記載或工商登記信息對抗該股權轉讓。
4、顯名股東轉讓股權，效力如何?是否為有權處分?
析：根據股權的外觀條件，應為有權處分。但法律規定，可適用善意取得制度，顯名股東如未經實際出資人同意轉股權的，可參照《物權法》第106條規定的善意取得制度。受讓人能否取得股權，取決於受讓人是否符合善意取得的構成要件。
C. 股東資格確認糾紛與股權轉讓糾紛是否能合並訴訟
嚴格來講是不可以的，但部分法院會在股權轉讓糾紛中審核轉讓方的股東資格問題。版
股東資格權確權糾紛和股權轉讓糾紛性質上不屬於同一類法律關系，不應該合並訴訟。法院在審理股權轉讓糾紛過程中，如果受讓方提出轉讓方並非真實股東，不具備股東資格，少部分法院會審核轉讓方是否具備股東資格。
按照正常審理程序，股東資格確認是股權轉讓的前提，如果在股權轉讓糾紛中，一方或第三方提出轉讓方股東資格爭議，法院可終止審理股權轉讓糾紛，也可不中止。
D. 如何確定股權轉讓糾紛的訴訟當事人
1、對股權轉讓合同的違約之訴，因主要針對的是合同法律關系，所以專，應當以股權轉讓屬合同的簽訂人，即股權的轉讓人和受讓人作為原告或被告。公司可以作為第三人參加訴訟。
2、對股權轉讓合同的無效和撤銷之訴，主要是因為公司其他股東認為股權轉讓合同違法、違反《公司章程》並且損害其股東利益(如優先購買權等)而提起的訴訟，此類訴訟的原告應當是認為自己權益受到侵害的公司其他股東，被告應當是股權的轉讓人和受讓人。
3、股權轉讓合同生效後，若公司或公司其他股東不給提供股權工商變更登記的手續而產生的糾紛，股權轉讓合同的受讓人可以單方作為原告或與轉讓方一起作為共同原告提起侵權之訴。
E. 有限責任公司股權轉讓相關糾紛如何處理
一、向股東以外的人轉讓股權沒有徵得其他股東同意的處理
未依法徵得其他股東同意而轉讓股權的行為，嚴格講是處於效力待定狀態，如果其他股東追認的，則轉讓仍為有效。此種情形下，糾紛一般有兩類：
(1)股權轉讓合同成立後，尚未履行或尚未履行完畢，而受讓人起訴出讓人，要求其繼續履行合同。法院在審理過程中，可以先將該訴訟情況通知公司，讓其在一定限期內徵求其他股東對該轉讓合同的意見，其他股東在期限內有超過半數以上股東作追認或不作相反意思表示(通知轉讓而不作否認，視為同意轉讓)，且不同意轉讓的其他股東又不購買該轉讓出資的，或僅欲以低於轉讓合同價格購買的，判令轉讓合同雙方當事人繼續履行合同。如在合理期限內有其他股東表示以相同或優於該轉讓合同的價格條件購買該股權的，則視出讓人意思表示而定。如出讓人在此期間轉而與其他股東履行股權轉讓的，則原股權轉讓合同受讓人要求繼續履行合同的訴訟請求不予支持，但其可以要求出讓方承擔賠償損失的民事責任，已部分履行的應作無效處理，出讓人還應返還其已收取部分轉讓款及法定孳息。但審判實踐中，法院應以受讓人在審理中變更原訴請而為之，否則法院只能僅就原訴請審理，或予以駁回其要求繼續履行的訴訟請求，而不必主動干預應由當事人自由表示的私權。如經訴訟中給予一定的追認征詢期限後，仍未能滿足現行公司法第三十五條第二款之條件的，則該轉讓合同確認無效，繼續履行不予支持，出讓方與受讓方之間亦如前述，可按無效返還及根據過錯賠償損失的原則處理。
(2)公司要求確認股東出讓的股權無效。在審理中，應由出讓股權的股東負責舉證，在期限屆滿前如其能舉證證明已向公司提出轉讓其所擁有股權並徵求其他股東意見的請求，公司過半數股東同意轉讓，且不同意轉讓的股東未作購買該股權的意思表示，或其所報價格的要求劣於現股東以外受讓人所出價格條件的，則該轉讓合同有效。此外，如公司提起確認無效之訴時，出讓人所轉讓的股權業已登記到受讓人名下，則此種情形可視為其他股東已明知，並同意該轉讓。該轉讓合同也為有效。除此兩種以外，轉讓合同無效。由此，繼而引起合同雙方當事人糾紛的，根據合同相對性原則，區分合同內外關系，受讓人與出讓人之間的糾紛屬轉讓合同當事人之間的關系，公司與出讓人之間的糾紛屬轉讓合同一方當事人與合同之外第三人的關系，故一般應另行成訴，處理中按無效返還並按過錯賠償損失的原則裁判。
二、股權出讓人是實際投資未到位者或抽逃投資者的處理
在此情形下的糾紛，一般也存在兩類。一為股權受讓人以出讓人欺詐為由，要求撤銷股權轉讓合同或確認其為無效;二為公司債權人發現注冊資金未到位，而要求出讓人、受讓人對公司債務承擔責任，且前一糾紛往往因後一糾紛的發生而引發。在這類糾紛中，對於股權轉讓合同的效力，也不能一概認定為無效。審判實踐中，應具體考察出讓人對受讓人是否構成欺詐來確定合同效力或是否屬可撤銷合同。如出讓人轉讓股權時，對受讓人隱瞞了其真實出資情況的，受讓人可以欺詐為由撤銷合同，或主張合同無效。如公司債權人因追索債權，而將受讓人與公司列為共同被告起訴的，審理中受讓人又以欺詐為由主張撤銷股權轉讓合同的，則應告知其另行起訴。因後一案處理的結果為前一案處理的依據，故程序上應按民事訴訟法第一百三十六條第一款第五項的規定，中止前一案的審理。後一案處理中，如股權轉讓合同被撤銷或確認無效，則前一案中受讓人不再為應承擔責任的共同被告，債權人可申請追加出讓人為共同被告，由出讓人承擔出資未到位而產生的民事責任。如債權人將出讓人、受讓人一並與公司列為共同被告的，則受讓人以欺詐為由主張轉讓合同撤銷之訴，可在公司債務糾紛中合並審理。如股權轉讓當時受讓人明知或應當知道出讓人出資不到位的真實情況而接受轉讓，或受讓人知道該事由後放棄撤銷權，或未按合同法第五十五條規定的期限行使撤銷權的，則視為其已同意在受讓股權的同時承受原出讓人因該股權所存瑕疵而應負的責任，故而受讓人不能因公司債務糾紛而再主張撤銷股權轉讓合同。在此情況下，應由受讓人承擔注冊資金不到位而產生的民事責任。另外，因公司注冊資本是公司作為市場主體而存在並運行的物質基礎，公司設立時股東所負投資義務是公司法所要求的法定義務，出讓人未盡出資義務而產生的責任，並不能因股權的轉讓而當然免除，故對受讓人所不能承擔部分，應令出讓人承擔賠償責任，這是一種與其義務相適應的補充責任。
F. 股權轉讓糾紛和股東資格確認糾紛的區別
1、股權轉讓糾紛是出讓人與受讓人之間因股權轉讓交易發生的糾紛，比如股權交割回、答股權轉讓款支付等等，以股權轉讓合同為最為基本的法律文件。
2、股東資格確認糾紛是可能是股東的人與公司現有股東、公司之間的糾紛，在於確認原告是否為公司股東。在司法實踐中主要看原告有什麼憑據證明其具有股東資格，主要有工商登記資料、股東名冊、出資證明、股權代持協議、分紅的資料、參與股東會、董事會會議的記錄等等。