A. 内河水路运输合同纠纷归哪个法院管辖
合同有约定按约定，没有约定按以下办理。第二十二条对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。第二十四条因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。第二十五条合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。第二十八条因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。第三十条因铁路、公路、水上和航空事故请求损害赔偿提起的诉讼，由事故发生地或者车辆、船舶最先到达地、航空器最先降落地或者被告住所地人民法院管辖。
B. 运输合同纠纷应该由哪个法院管辖
在运输合同中，不论是铁路、公路、水上、航空运输，还是联合运输合同的纠纷，因内此而提出的诉讼，一般容由运输始发地、目的地或者被告住所地的人民法院管辖。 在诸多形式的运输中，有两个运输方式而成立的合同是例外。其一，如果是海上运输而产生的纠纷，应当由海事法院管辖；其二，如果是铁路运输合同的纠纷以及与铁路运输有关的侵权纠纷，应当由铁路运输法院管辖。
C. 怎样确定运输合同纠纷管辖法院
运输合同可能是单一的运输工具来完成，比如由路上运输或者水上运输或者空中运输单独完成，也有可能采取的是多种运输工具联合运输，路上运输还存在公路运输和铁路运输之分。采用不同的运输工具，就可能形成是由普通法院管辖还是由专门法院管辖的问题。实践中处理这一问题的基本原则是：(1)如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院，比如采用水运，则由海事法院管辖，采用铁路运输，则由铁路运输法院管辖;(2)如果是采取联合运输，根据具体情况，凡是与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖;(3)在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，如何确定管辖法院，法律并未作出具体规定，在这处情况下，可以由当事人选择法院管辖。