A. 关税追征和补征问题，收款期限起算点的差异怎么理解
原文为《关税条例》第五十一条“进出口货物放行后，海关发现少征或者漏征税款的内，应当自缴纳税容款或者货物放行之日起1年内，向纳税义务人补征税款。但因纳税义务人违反规定造成少征或者漏征税款的，海关可以自缴纳税款或者货物放行之日起3年内追征税款，并从缴纳税款或者货物放行之日起按日加收少征或者漏征税款万分之五的滞纳金。
海关发现海关监管货物因纳税义务人违反规定造成少征或者漏征税款的，应当自纳税义务人应缴纳税款之日起3年内追征税款，并从应缴纳税款之日起按日加收少征或者漏征税款万分之五的滞纳金。”
分两款，你说的第二段实际为第一款内容。
因此可以看出：
第一、两款适用对象不一样，第一款后一句是针对一般进出口货物违规，第二款是针对海关监管货物违规，至于什么是海关监管货物，可见海关法的规定。
第二、对于进出口货物来说，少征的货物有缴纳税款之日，漏征的货物只存在货物放行之日，根据情况不同适用不同的日期；而对于海关监管货物违反规定的情况来说，违规之日才是其产生缴款义务的时间，比如擅自转让保税料件，保税料件被卖之日为应缴纳税款之日。
注：少征就是少收了税而放行，漏征是没有收税而放行。
B. 关于关税的补征和追征问题 关税规定和征管法不同 实际执行应该按照哪个呢
关税不适用征管法 所以关税是按一补三追 而适用征管法的是三补三追。不冲突。