A. 關於軟體著作權和共享協議的問題
合作開發的軟體進行著作權登記的，可以由全體著作權人協商確定一名著作權人內作為代表辦理容。著作權人協商不一致的，任何著作權人均可在不損害其他著作權人利益的前提下申請登記，但應當註明其他著作權人。因此，如果該公司申請時未註明你的共同著作權人的身份，屆時你可以此作為抗辯
B. 共同繼承著作權,其中一人受讓他們版權並簽訂版權轉讓協議是否有效
兩個人，共同繼承了著作權，兩個繼承人中的一人，把自己繼承部分的著作權，轉讓給另外一個繼承人，他們之間簽訂的協議，當然是有效的。