1. 如何利用KEGG定位基因屬於哪個代謝通路
如何利用KEGG定位基因屬於哪個代謝通路
代謝通路:目前在通路資料庫(PATHWAY database) 中代回謝通路是答建立得最好的,有大約90個參考代謝途徑的圖形。每個參考代謝途徑是一個由酶或EC號組成的網路。
利用如下方法可通過計算機構建出生物體特有 的代謝通路:
先根據基因的序列相似性和位置相關性確定基因組中酶的基因。
然後合理地安排EC號。
最後將基因組中的基因和參照通路中用EC號編號的基因產物 結合起來。
2. 如何確定那些kegg pathway 是次生代謝通路
如何抄利用KEGG定位基因屬於哪個代謝通襲路
代謝通路:目前在通路資料庫(PATHWAY database) 中代謝通路是建立得最好的,有大約90個參考代謝途徑的圖形。每個參考代謝途徑是一個由酶或EC號組成的網路。
利用如下方法可通過計算建出生物體特有 的代謝通路:
先根據基因的序列相似性和位置相關性確定基因組中酶的基因。
然後合理地安排EC號。
最後將基因組中的基因和參照通路中用EC號編號的基因產物 結合起來。
3. 怎樣在kegg查找萜類化合為合成通路
何利來用KEGG定位基屬於哪自代謝通路
代謝通路:目前通路資料庫(PATHWAY database) 代謝通路建立約90參考代謝途徑圖形每參考代謝途徑由酶或EC號組網路
利用通計算機構建物體特 代謝通路:
先根據基序列相似性位置相關性確定基組酶基
合理安排EC號
基組基參照通路用EC號編號基產物 結合起
4. 如何利用KEGG找模式菌的所有氨基酸代謝途徑
登陸http://www.genome.jp/kegg
輸入抄你要找的氨基酸名稱,例襲如找丙氨酸就輸入alanine,單擊go。
搜代謝途徑的話可以在Search後選擇KEGG PATHWAY。單擊map00???查看代謝途徑。
5. 怎麼利用kegg資料庫分析基因組分析代謝途徑
最簡單,但是未必最有效的辦法,但是最快
抽個樣本,把你的目標基因打上標記,然後建立一個模型,比如決策樹等等
模型質量不錯的情況下跑全庫,然後找出分類結果為你目標分類的記錄
6. 怎麼做基於KEGG的生物通路富集分析
如何利用KEGG定位基因屬於哪個代謝通路
代謝通路:目前在通路資料庫(PATHWAY database) 中代謝通路是建立得內最好的,有大約容90個參考代謝途徑的圖形。每個參考代謝途徑是一個由酶或EC號組成的網粻丁綱股蕺噶告拴梗莖絡。
利用如下方法可通過計算機構建出生物體特有 的代謝通路:
先根據基因的序列相似性和位置相關性確定基因組中酶的基因。
然後合理地安排EC號。
最後將基因組中的基因和參照通路中用EC號編號的基因產物 結合起來。
7. kegg資料庫包括哪些代謝通路
基因功能抄定位這個很復雜,可以專門襲開一篇文章了,暫且到此。
假設我們現在有了基因序列及其功能,我們接下來也會知道該基因合成了哪些蛋白,參與了哪些化學反應。
代謝是細胞內各種化學反應的總稱,一個代謝途徑包括代謝的前提、產物和酶。