您好，专利侵权纠纷案件，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。侵权行为内地包括：被控侵犯发明、实用容新型专利权的产品的制造、使用、许诺销售、销售、进口等行为的实施地；专利方法使用行为的实施地，依照该专利方法直接获得的产品的使用、许诺销售、销售、进口等行为的实施地；外观设计专利产品的制造、销售、进口等行为的实施地；假冒他人专利的行为实施地；上述侵权行为的侵权结果发生地。
原告仅对侵权产品制造者提起诉讼，未起诉销售者，侵权产品制造地与销售地不一致的，制造地人民法院有管辖权；以制造者与销售者为共同被告起诉的，销售地人民法院有管辖权。
㈡ 知识产权诉讼管辖法院是如何确定的
一般由被告所在地或者侵权行为发生地人民法院管辖。《民事诉讼法》第二内十八条规容定：“因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。”具体到专利案件，最高人民法院《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》(以下简称《若干规定》)第五条规定：“因侵犯专利权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。
㈢ 知识产权诉讼中原告主体资格如何确定
无救济即无权利”，知识产权作为私权的一种，其权利的最终救济手段如同其他民事权利一样在于司法救济，即以诉讼方式对权利的归属、侵害等纠纷提供最终裁决，而诉讼的前提就是原告诉权的具备，即原告诉讼主体资格的确定。
由于知识产权的无形性使得权利人难以以占有的方式来证明自己权利存在和所有的状态，体现的诉讼中，原告主张权利时往往需要首先证明权利的存在——具备知识产权成立的要件，同时还需要证明该权利属于自己所有?在侵权诉讼中还需证明该权利具有对抗不特定第三人的效力。在司法实践中，比之一般的民事诉讼，知识产权诉讼被告往往更经常地提出权属抗辩，以在程序上原告主体资格的否定达到对其实体权利主张否定的目的。因而，知识产权诉讼中原告诉讼主体资格的确定尤显重要。
权利依其来源不同可分为原权利和继受权利，知识产权也一样。原权利的权利内容完整，对其提供救济是诉讼制度设置的主要目的所在，权利人享有完整的诉权毋庸置疑。因法定事由或原权利人的意思，发生的权利转移为权利的继受，这种继受的权利仅止于财产权范畴，对其保护的实质仍源于对原权利的保护，是对原权利人自主处分自己权利形成状态的确认，因而对其保护应视其继受的权利范围、性质而定：因继承、转让取得的权利一般是完全性的，具有诉权无可争议;部分权利内容一定期限的许可使用形成的继受权利依合同内容不同所形成的权利可以是独占性或排他性权利，也可是无排他性的权利，一般而言只有前两者在侵权诉讼中才享有独立诉权。
(一)原权利人诉讼主体资格的确定
在知识产权的主要的三大制度中，商标权、专利权的取得基于行政主管部门的审核授予，权利主体的确认相对简单，仅需提供行政主管部门颁发的确权证明即可。当然，专利权中实用新型、外观设计均无需经过实质审查即予授权，司法实践中这种权利，包括发明专利权往往受到质疑，无效宣告请求决定书和专利行政诉讼判决便也成为原告诉权存在的有效证明。
著作权因创作自动产生，权利人可提供涉及著作权的底稿、原件、合法出版物、著作权登记证书等证明其独立创作的事实及完成时间、是否有禁用声明等，演绎作品著作权人、邻接权人还包括合法授权证明。
在网络环境下，由于发表程序简单、数字存贮状态的作品发表时的状态容易被改动、且发表时往往使用笔名甚至不署名，权利人以及发表时的状态的证明均有一定难度。实践中一般采取权利推定的方式，即除非有相反证据，否则由上载作品内容的网络服务提供者提供的证明来确定作品的著作权人。由于该类网络服务商有权决定作品的上载，其地位相当于在传统传播作品途径中的出版者的地位，对所“出版”(上载)的作品的权利状况相对清楚，其证言具有较强的证明力。
(二)侵权诉讼中继受权利的排他性是拥有独立诉权的条件
《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第四条确立了独占许可人的独立诉权、排他许可人在一定条件下的独立诉权和经原权利人授权的普通许可人的诉权。虽然专利权、著作权的相关规定中没有具体类似条款对继受权利人诉权作出具体规定，但由于专利权许可实施合同的种类和许可的权限与商标法中的含义基本一致，著作权许可使用合同也同样赋予当事人自行选择许可权利范围的规定，可以类推认为专利权、著作权侵权案件中被许可使用人诉权也可依此认定，即权利的排他性是侵权诉讼中独立诉权存在的前提。
从理论上来看，原告与诉讼标的有法律上的利害关系是诉讼成立的条件。在侵权诉讼中，这种利害关系表现为第三人的行为(在独占性权利中包括原权利人的行为)与原告权益之间的冲突关系，这就要求原告取得的权利本身具有一定的排他性，即制止第三人同时行使该权利的权利。
㈣ 知识产权诉讼有什么特点
分三类,1专利, 2商标 ,3版权
1.专利;专利属于知识产权的一部分，是一种无形的财产，具有与其他财产不同的特点。
（1）独占性。独占性也称排他性或专有性。它是指同一发明在一定的区域范围内，只有专利权人才能在一定期限内享有对其的制造权、使用权和销售权。其他任何人未经许可都不能对其进行制造、使用和销售，否则属于侵权行为。
（2）区域性。区域性是指专利权是一种有区域范围限制的权利，它只有在法律管辖区域内有效。除了在有些情况下，依据保护知识产权的国际公约，以及个别国家承认另一国批准的专利权有效以外，技术发明在哪个国家申请专利，就由哪个国家授予专利权，而且只在专利授予国的范围内有效，而对其他国家则不具有法律的约束力，其他国家不承担任何保护义务。但是，同一发明可以同时在两个或两个以上的国家申请专利，获得批准后其发明便可以在所有申请国获得法律保护。
（3）时间性。时间性是指专利只有在法律规定的期限内才有效。专利权的有效保护期限结束以后，专利权人所享有的专利权便自动丧失，一般不能续展。发明便随着保护期限的结束而成为社会公有的财富，其他人便可以自由地使用该发明来创造产品。专利受法律保护的期限的长短由有关国家的专利法或有关国际公约规定。目前世界各国的专利法对专利的保护期限规定不一。（知识产权协定）第三十三条规定专利“保护的有效期应不少于自提交申请之日起的第二十年年终”。
（4）实施性。除美国等少数几个国家外，绝大多数国家都要求专利权人必须在一定期限内，在给予保护的国家内实施其专利权，即利用专利技术制造产品或转让其专利。
2.商标;（1）商标是用于商品或服务上的标记，与商品或服务不能分离，并依附于商品或服务。不是用于交换的劳动产品，它上面的标志都不是商标。
（2）商标是区别于他人商品或服务来源的标志，具有特别显著性的区别功能，从而便于消费者识别。商标的构成是一种艺术创造。
（3）商标是由文字、图形、字母、数字、三维标志和颜色组合，以及上述要素的组合的可视性标志。
（4）商标具有独占性。使用商标的目的就是为了区别与他人的商品或服务，便于消费者识别。所以，注册商标所有人对其商标具有专用权、受到法律的保护，未经商标权所有人的许可，任何人不得擅自使用与该注册商标相同或相类似的商标，否则，即构成侵犯注册商标权所有人的商标专用权，将承担相应的法律责任。
（5）商标是一种无形资产，具有价值。商标代表着商标所有人生产或经营的质量信誉和企业信誉、形象，商标所有人通过商标的创意、设计、申请注册、广告宣传及使用，使商标具有了价值，也增加了商品的附加值。商标的价值可以通过评估确定。商标可以有偿转让，经商标所有权人同意，许可他人使用。
（6）商标是商品信息的载体，是参与市场竞争的工具。生产经营者的竞争就是商品或服务质量与信誉的竞争，其表现形式就是商标知名度的竞争，商标知名度越高，其商品或服务的竞争力就越强。
使用在商标上的符号：
TM——商标符，指已经向商标局登记（申请注册）、或持有人声明拥有权利的商品商标
SM——同上，用于服务商标。
3版权;答:版权即著作权，是指文学、艺术、科学作品的作者对其作品享有的权利（包括财产权、人身权）。版权的取得有两种方式：自动取得和登记取得。我国的著作权法规定，作品完成就自动有版权。
为什么要进行版权登记？
版权登记证明文件是登记事项的初步证明，是主张权利或提出权利纠纷行政处理或诉讼的证明文件。
哪些作品可以登记？
1、计算机软件登记。由中国版权保护中心负责登记。
2、其他具有独创性的作品：文字、美术、摄影、电影、音乐、建筑作品及工程设计图等。由省版权登记部门负责登记。
版权是用来表述创作者因其文学和艺术作品而享有的权利的一个法律用语。
㈤ 知识产权诉讼种类有哪些
你好，
知识产权诉讼的分类：
1、知识产权民事诉讼
(1)知识产权侵权诉讼
除了侵犯我国民法通则予以明确的民事权利也包括反不正当竞争法规定的不正当竞争行为(即侵害)
(2)知识产权归属诉讼
就知识产权的权利归属发生的诉讼，简称权属纠纷。
(3)知识产权合同诉讼
就知识产权的取得、转让、使用等交易行为产生的纠纷，在取得环节与权属诉讼有交叉。
2、知识产权行政诉讼
(1)由国家行政机关作出的行政裁判引起
专利权和商标权需要行政机关确权，依相关知识产权法律，当事人对该确权决定不服可以向行政裁判机关(即专利复审委员会和商标评审委员会)申请复审，对该复审决定(其实质是行政裁判)不服，提起的行政诉讼。
(2)由国家行政机关做出的详细行政行为引起
在知识产权确权和转让、使用过程中，确权机关依相关知识产权法，对当事人作出具体行政行为(包括行政决定、行政许可和行政处罚等)，行政相对人不服提起的行政诉讼。
(3)由地方知识产权治理机关行政执法引起
对于具有知识产权执法权的地方各级知识产权管理机关，可以对侵犯知识产权等违法行为进行处罚和调解，相对人对该处罚或者调解决定不服的，可以向该行政机关所在地人民法院提起行政诉讼。
3、知识产权刑事诉讼
我国刑法规定只有以下七种行为构成知识产权犯罪：
(1)假冒注册商标罪;
(2)销售假冒注册商标商品罪;
(3)非法制造、销售非法制造的注册商标标识罪;
(3)假冒他人专利罪;
(4)侵犯著作权罪;
(5)销售侵权复制品罪;
(6)侵犯商业秘密罪。
律师在知识产权刑事案件中可以协助被害人(权利人)进行举报启动公诉程序，可以代理被害人提起自诉，也可以担任犯罪嫌疑人的辩护人。
4、知识产权仲裁
主要在知识产权合同纠纷中，特别情况可以在权属或者侵权纠纷中根据事后协议选择仲裁。
㈥ 知识产权诉讼流程程序是怎样的
专利诉讼的目的往往都是为了争夺市场，通过专利诉讼抑制竞争对手的生产规模，同时不断扩大专利权人的生产，以占领市场。专利诉讼过程中有必要掌握一些技巧。
研透专利技术
对于技术性很强的专利诉讼，研究分析并吃透专利技术及相关的技术非常重要。专利诉讼要求律师不仅懂得法律条文及有关规定，更重要的是要求律师必须理解专利技术。不懂法律打不好官司，不懂技术同样胜任不了专利诉讼，单从法律条文上是不能解决专利诉讼的有关问题的，特别是在认定某一技术是否构成侵权、是否属于公知技术、是否属于显而易见的技术等等，都需要有一定的技术知识。不钻研专利技术是很难胜任专利诉讼的。
收集有效证据
对于原告专利权人一方的律师，最重要的是要收集侵权的证据，购买到侵权产品固然重要，但有些侵权产品本身就是假冒他人的产品，上面所写的生产厂家并不一定是真正的侵权厂家。因此，最好直接到生产厂家购买涉嫌侵权的产品，必要时可以采取公证取证，或者通过工商行政管理部门或技术监督部门行使其他职责时，顺便获取侵权证据。原告取证工作最难的是得到对方生产销售的数额，这可以请求法院采取证据保全措施，以获得这方面的证据。获得侵权与侵权数额的证据是原告取胜的关键。
对于被告一方来说，关键是收集一切可以将原告专利无效掉的证据，这些证据包括专利文献、销售发票、产品广告、公开使用证明等。虽然产品发票可以作为无效他人专利的证据，但有时凭发票还不行，因为发票并没有具体描述产品的形状或技术特征。被告找到足以对原告专利构成威胁的证据，这是致胜的关键之一，或是找到证明自己在先使用的有效证据或使用的是自由公知技术的证据，都有可能在诉讼中占据主动。
巧用法律程序
对于被告而言，最常用的是反诉对方专利无效，从而争取时间寻求其他抗辩方法。而对于原告，在诉讼之前，最好先行对自己的专利启动无效程序，使专利经过一次“实审”的考验，然后再诉他人侵权。或者起诉前首先到国务院专利行政主管部门检索一下自己专利的属性，并出具相应的检索报告。这样可以避免被告利用无效程序带来的许多麻烦。专利诉讼中可以应用的法律程序不少，但前提是必须懂得专利申请与审批及无效等基本程序，这样才有可能在诉讼中运用自如。
㈦ 知识产权侵权案件
辽宁省大连市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）大民四终字第50号
上诉人（原审被告）大连某某大学，住所地辽宁省大连市甘井子区凌水街道凌海路1号。
法定代表人王祖某，校长。
委托代理人刘接某，男，1971年5月25日生，汉族，该校教师，住辽宁省大连市甘井子区凌水路清恬园14号2-2-1。
委托代理人吴珊某，辽宁斐然律师事务所律师助理。
被上诉人（原审原告）北京某某方舟信息技术股份有限公司，住所地北京市海淀区车公庄西路甲19号华通大厦A座六层。
法定代表人田某，董事长。
委托代理人李某，女，1979年1月11日生，汉族，该公司部门经理，住辽宁省大连市沙河口区锦霞北园18号4-4-1。
委托代理人胡建某，北京市中创律师事务所律师。
上诉人大连某某大学因与被上诉人北京某某方舟信息技术股份有限公司（以下简称某某方舟公司）计算机软件开发合同纠纷一案，不服大连市西岗区人民法院（2011）西民初字第2145号民事判决，向本院提起上诉。本院于2013年5月29日立案受理后依法组成合议庭，公开开庭审理了本案。上诉人大连某某大学的委托代理人刘接某、吴珊某，被上诉人某某方舟公司的委托代理人李某、胡建某到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
某某方舟公司原审诉称，我公司与大连某某大学于2007年10月10日签订《合作协议》，大连某某大学委托我公司完成航道遥测遥控系统应用软件的开发等工作。我公司按约定完成了软件开发并将成果交付给大连某某大学，该软件已于2010年9月20日通过验收。大连某某大学未按约定付款，应承担违约责任。请求判令大连某某大学支付软件开发费用20万元及逾期付款的利息损失（2010年9月20日起计算至付款之日止，按照中国人民银行规定的同类贷款的同期利率计算）。
大连某某大学原审辩称，不同意某某方舟公司的诉讼请求。一、双方签订的《合作协议》的附件技术规格书第5条约定“系统验收时某某方舟公司应提交完整的系统功能软件及其源代码”，但某某方舟公司至今未履行该项合同义务，我校不得已自行组织工作人员完成相关工作，故我校无义务支付剩余款项。二、2010年9月20日的验收是对我校负责的整个项目的验收，而非对某某方舟公司开发软件的验收，通过验收不等于其交付的软件合格。
原审法院经审理查明，2007年9月30日，大连某某大学作为受托方之一与案外人长江南京航道局签订《技术开发（委托）合同》，接受该航道局的委托对长江南京至浏河口段某某航道与智能航运建设示范工程网络设备购置、集成与应用软件开发标段施工。2007年10月10日，大连某某大学作为甲方、某某方舟公司作为乙方，就乙方协助甲方开发上述标段（简称SZHD-04标段）的部分项目一事签订《合作协议》。该协议约定：1、甲方同意与乙方相互协作完成SZHD-04标段合同文件中的以下主要内容：（1）航标遥测遥控系统应用软件的开发；（2）航标遥测遥控系统应用软件的安装、调试；（3）航标遥测遥控标准的编制；（4）对用户进行相关的技术培训。2、甲方的权利和义务：（1）负责整个项目以及与业主、关联单位的协调和管理工作；（2）负责向乙方提供SZHD-04标段合同中与协作项目有关的内容；（3）负责向乙方提供项目开发过程中所需的关联单位的技术资料和测试产品；（4）负责向乙方提供详细、准确的协作项目的技术规格书，并经双方签署；（5）负责向乙方提供项目协作开发费用40万元整，并在甲方验收合格后支付。3、乙方的权利和义务：（1）乙方应严格按照甲方的要求组织人员进行研发协助工作；（2）乙方应统一服从甲方的项目管理和调度；（3）乙方保证协作项目要完全达到SZHD-04标段合同和双方签署的技术规格书的要求；（4）乙方保证在本协议约定的时间内完成协作项目。4、甲、乙方协作完成本协议规定项目内容的时间为SZHD-04标段合同开工后的三个月。5、协作项目的验收标准为SZHD-04标段合同和双方签署的技术规格书。6、违约责任：（1）乙方如未按照本协议的约定完成协作项目，甲方可不予支付本协议所规定的款项……（3）甲方如未按照本协议规定支付协作费用的，乙方有权按实际损失向甲方追索违约金。……10、本协议自甲乙双方代表签字之日起生效。该协议的附件技术规格书第5条“系统开发计划”规定“系统开发周期为2007年10月1日至2008年2月28日。系统采用分阶段验收与竣工验收相结合的方式。……（5）1月10日前，完成系统全部功能。（6）2月10日前，完成系统全部功能的现场测试工作，阶段验收，交付使用。（7）2月20日，系统验收。验收时提交如下材料与文档：a、完整的系统功能软件及其源代码；b、系统开发文档，包括需求分析、概要设计、详细设计、测试计划及测试报告等；c、使用手册（含联机帮助）。（8）2月28日，系统竣工验收。”甲、乙双方代表均在协议上签字。2008年1月10日，某某方舟公司按照约定完成了系统全部功能。2008年1月15日，大连某某大学向某某方舟公司支付项目协作开发费用20万元。大连某某大学以“某某方舟公司未提供系统功能软件的源代码”为由未按照约定于2008年2月28日进行竣工验收，并至今未付剩余20万元开发费用。
2008年12月31日，某某方舟公司的职员王勇给大连某某大学项目负责人王德强发送电子邮件一封，内容为“王老师：您好，这是南京项目的最新源码，请查收……”，该邮件的附件是一个名为“航标业务系统（源码）081230.rar（4.7M）”的压缩包。2010年1月19日，王德强给王勇发送电子邮件一封，内容为“王经理：您好。交通部拟在2月末或3月初进行长江南京某某航道项目的竣工验收，现杨老师已到南京准备验收材料。因贵公司所承担的航标通信模块和业务管理系统的源代码一直没有提交给我方，给我方和贵方的信誉造成了影响。希望贵司能够按照我们双方的协议提交全部源代码，以免影响项目的竣工验收和付款。”次日，王勇给王德强回复邮件一封，内容为“1、关于源码，我们公司在2008年12月31日星期三16:19发到了您在雅虎的邮箱中，当时的原因是交通部验收工作，之后验收成功。2、2009年每次询问关于20万余款回款的问题，您都说验收结束，等待南京的审计工作，对于我们来讲，在该项目上的培训、验收工作已经结束。3、我们目前在坚持做售后服务工作……4、请贵方将项目余款20万元结账，以支持我方在该项目上的售后服务工作，不然我方将无力支持该项目的售后服务工作，届时后果自负。5、关于20万项目余款的结账日期，请给我方一个明确的答复。”2010年2月2日，王德强给王勇发送电子邮件一封，内容为“王经理：您好。南京某某航道项目将于2月28日完成交工验收并运行一周年，交通部拟在三月初举行南京某某航道项目的竣工验收会。特此告知。”在该封邮件中，大连某某大学未再提到源代码一事。诉讼中，大连某某大学不认可某某方舟公司职员王勇于2008年12月31日发送给王德强的“航标业务系统（源码）081230.rar（4.7M）”系双方合同约定的航标遥测遥控系统应用软件的源代码。
另查，2010年9月20日，长江南京至浏河口段某某航道与智能航运示范工程通过了交通运输部的竣工验收。
原审法院认定的上述事实，有《技术开发（委托）合同》、《合作协议》及其附件技术规格书、（2011）京中信内经证字20678号公证书、银行电汇凭证、记账凭证及当事人陈述笔录等证据材料在案为凭。
原审法院认为，当事人应当按照约定全面履行自己的义务，当事人一方履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、赔偿损失等违约责任。当事人一方未支付价款或者报酬的，对方可以要求其支付价款或者报酬，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失。本案中，双方签订的《合作协议》系双方当事人的真实意思表示，不违反法律及行政法规的强制性规定，该协议合法有效。某某方舟公司已经完成开发任务，大连某某大学理应按照约定履行支付开发费用的义务。双方约定的开发费用为40万元，大连某某大学在支付20万元之后，剩余的开发费用至今未付，已经构成违约，应当按照约定继续履行支付剩余20万元开发费用的义务。大连某某大学逾期付款还给某某方舟公司带来了相应的利息损失，故某某方舟公司要求大连某某大学支付软件开发费用20万元及逾期付款的利息损失（2010年9月20日起计算至付款之日止，按中国人民银行同期同类贷款利率计算）的诉讼请求，原审法院予以支持。大连某某大学提出“某某方舟公司至今未履行合同约定的‘系统验收时某某方舟公司应提交完整的系统功能软件及其源代码’义务，其自行组织工作人员完成相关工作”以及“2010年9月20日的验收是对其负责的整个项目的验收，而非对某某方舟公司开发的软件的验收。验收通过不等于某某方舟公司交付的软件合格”的抗辩意见，因大连某某大学委托某某方舟公司完成的航道遥测遥控系统应用软件的开发属于其负责的整个项目的组成部分，如果该部分未通过验收，整体工程也不可能通过验收。某某方舟公司也已举证证明其向大连某某大学提供了项目的源代码，而大连某某大学并未提供相反证据证明某某方舟公司交付的软件不合格、源代码非合同约定的源代码，也未提供证据证明自行组织工作完成相关工作，故对大连某某大学的上述抗辩意见，原审法院不予支持。
综上，原审法院依据《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百零九条、第一百一十二条、第一百一十三条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：“被告大连某某大学于本判决生效之日起十日内支付原告北京某某方舟信息技术股份有限公司软件开发费用20万元及逾期付款的利息损失（自2010年9月20日起计算至被告付款之日止，按照中国人民银行规定的同类贷款的同期利率计算）。如被告未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费7 370元（原告已预交），由被告大连某某大学负担4 300元，由原告北京某某方舟信息技术股份有限公司负担3 070元。”
宣判后，大连某某大学不服原审判决，向本院提起上诉，请求撤销原判，发回重审或改判驳回被上诉人的诉讼请求。理由如下：首先，某某方舟公司的合同义务包括航标遥测遥控系统应用软件的开发、安装、调试、编制和技术培训，其应在2008年2月20日交付完整的系统功能软件及其源代码，其交付的技术成果必须经第三方的功能和技术指标测试并由双方在系统验收单上签字确认。某某方舟公司既没有在合同约定的时间内交付功能软件和源代码等文档，也未通过第三方的功能和技术指标测试。原审法院仅查明某某方舟公司以邮件方式递交源代码的事实，而没有审查某某方舟公司是否履行了其他合同义务，并就此认定其履行了全部合同义务并判令大连某某大学支付款项证据不足，且与事实不符。其次，某某方舟公司交付的源代码并不符合要求。某某方舟公司仅提供电子邮件证明其交付源代码，并未证明附件中的内容是否为合同约定的源代码以及该源代码是否符合技术指标和功能指标，也未证明验收合格，且大连某某大学对其交付的源代码并未认可。最后，对合同是否履行发生争议的，由负有履行义务的当事人承担举证，原审法院认为大连某某大学不认可某某方舟公司提供的源代码系合法源代码但没有提供证据证明属适用法律错误。
某某方舟公司答辩称，原审判决认定事实清楚，适用法律准确，判决正确，应当依法驳回上诉人的上诉请求。具体理由如下：一、大连某某大学称某某方舟公司开发的软件不合要求，采用了他人开发的软件，却未提交任何证据，也与其在电子邮件中的表述相矛盾。二、大连某某大学否认收到了源代码是为其赖掉20万元后期款制造借口，某某方舟公司已经完全履行合同义务。三、原审判决对双方举证责任的分配合法。被上诉人的证据已经足够，无需进一步举证，大连某某大学应当举出足以推翻现有证据的相反证据，否则应承担不利后果。四、原审判决对双方公平合理，可以实现双方签订合同的目的。
本院经审理对原审判决查明的事实予以确认。
二审审理过程中，上诉人向本院提交了如下证据材料：
证据1、技术开发（委托）合同，证明整个项目的金额是1192万元，某某方舟公司负责的部分仅占全部项目的3.3%，整个项目的验收合格不代表某某方舟公司负责的项目合格，而且大连某某大学有能力自行完成案涉软件的开发；
证据2、源程序光盘，系大连某某大学自身完成，证明验收项目并未采用某某方舟公司提供的源程序，整个项目的验收通过并不证明某某方舟公司交付的源程序验收合格；
证据3、（2013）大证民字第41591号公证书，内容为2008年11月25日大连某某大学已经明确要求某某方舟公司提交由其负责的通信和业务系统源代码，2009年2月15日再次要求其提交源代码，证明大连某某大学不认可某某方舟公司提交的源代码；
证据4、司法鉴定意见书，证明某某方舟公司提交的源代码不符合合同要求。
某某方舟公司对上述证据的质证意见如下：不同意对大连某某大学二审开庭后提交的所谓新证据进行质证。一、上述证据与一审查明的事实不符，也与其之前的说法相互矛盾，是伪造的证据；二、这些证据与本案没有关联性，是大连某某大学单方的事情，与双方合同履行与否无关；三、上述证据已超过了举证期限，且不属于法律规定的新证据。
本院对上述证据的认证意见如下：证据1系大连某某大学与长江南京航道局签订的《技术开发（委托）合同》，大连某某大学在一审中已经提交该证据并被原审法院采信，不应在二审中再次提交，故本院对该证据不予重复认定。证据2系本院在二审庭审过程中为查明案件事实要求大连某某大学在指定期限内提交的关于其自行研发案涉软件的相关证据，但由于该证据为电子数据光盘，具有容易修改且无痕迹的特点，无法核实其真实性，某某方舟公司对该证据不予认可，而且该软件成果本身不能证明其研发主体情况，故本院对该证据不予采信。证据3中的邮件已经履行了公证程序，其真实性应予认定，邮件内容系案件双方当事人关于案涉软件交付问题的沟通，与本案具有关联性，故本院予以采信。证据4虽系二审庭审结束后提交，但大连某某大学在一审审理过程中已经提交鉴定申请书，后被本院司法技术处以没有适格鉴定机构为由拒收，由于该司法鉴定意见书系大连某某大学自行委托鉴定机构出具的鉴定结论，在鉴定过程中对于鉴定材料即王德强电子邮箱于2008年12月31日收到的“航标业务系统源码”电子文件的输出电脑未做过清洁度检查，无法认定该检材来源的客观真实性，故本院对该证据亦不予采信。
本院另查明，2008年11月25日，大连某某大学的王德强给某某方舟公司的王勇发送电子邮件一封，内容为“您好。前期发来的（通信和业务系统）源代码不完整，缺工程文件、解决方案文件等，请王经理与今天中午前发给我，以便提交给用户。现在验收材料就差这两部分源代码没有提交，这样势必要影响验收前的软件系统专家测评会的召开，从而影响验收进程。请王经理配合做好源代码的提交。”2009年2月15日，王德强给王勇发送电子邮件一封，内容为“王经理：您好。南京航道局已定在2月26、27日召开某某航道项目的专家评审会和进行工程验收，通知已发。请王经理将航标业务和通信最新完整的源代码于17日前发给我，以供用户（监理）验收。另请王经理安排汪波于25日到南京报道。谢谢。”2009年2月23日，王德强给王勇发送电子邮件一封，内容为“王经理，您好，附件是26日应用软件系统开发质量测评会议程，27日交工验收议程，请王经理收悉。此次验收关系重大，请王经理以大局为重，出现差错你我都承担不起。希望我们都善始善终，尽快安排汪波到现场，把此次验收工作做好。”
本院于2013年7月15日向大连某某大学的项目负责人王德强进行了询问。王德强认可通过验收的航标遥测遥控系统应用软件使用了某某方舟公司开发的界面，且其从未将自行研发案涉软件的相关情况告知某某方舟公司。
本院认为，某某方舟公司与大连某某大学就航标遥测遥控系统应用软件开发事宜签订的《合作协议》是双方当事人的真实意思表示，不违反法律及行政法规的相关规定，双方应按照约定全面履行自己的义务。
本案的争议焦点是某某方舟公司是否已经全面履行了案涉软件开发义务，某某方舟公司对该节事实承担举证责任。根据某某方舟公司提交的双方往来电子邮件公证书的内容，其已于2008年12月31日将最新的“航标业务系统源码”电子文件发送给大连某某大学的项目负责人，直至2010年1月还在坚持做售后服务工作，大连某某大学的项目负责人于2009年9月23日要求某某方舟公司安排人员参加26日的应用软件系统开发质量测评会和次日的交工验收，并于2010年2月2日邀请某某方舟公司的王经理参加南京某某航道项目的竣工验收会，结合2010年9月20日长江南京至浏河口段某某航道与智能航运示范工程通过交通部竣工验收的事实，可以认定某某方舟公司已经交付了航标遥测遥控系统应用软件并通过验收，已经完成了合同项下的主要义务。然而，举证责任分配不是一成不变的，在某某方舟公司已初步完成了己方举证责任的情况下，大连某某大学主张某某方舟公司未能全面履行合同义务，应当提供证据加以证明，否则应承担不利后果。原审法院对举证责任的分配并无不当，上诉人大连某某大学关于原审法院举证责任分配属适用法律错误的抗辩意见，本院不予采纳。
大连某某大学主张某某方舟公司未能全面履行合同义务，主要理由是某某方舟公司既没有在合同约定的时间内交付功能软件和源代码等文档，也未通过第三方的功能和技术指标测试。关于项目交付时间问题，尽管《合作协议》附件《技术规格书》中规定于2008年2月20日进行系统验收，但《合作协议》约定某某方舟完成项目完成时间为SZHD-04标段合同开工后三个月。鉴于案涉航标遥测遥控系统应用软件为长江南京至浏河口段某某航道与智能航运示范工程整体工程的一个子项目，项目完成时间受到整体项目进展程度的约束，某某方舟公司完成软件开发工作需要大连某某大学提供所需的技术资料并服从大连某某大学的项目管理和调度，而且某某方舟公司提交最新源代码的时间是2008年12月31日，其最初提交源代码的时间早于这一时间，大连某某大学在2008年11月25日的邮件中亦予以认可。同时，大连某某大学在与某某方舟公司工作人员的沟通中从未对交付时间问题提出过异议，应当认定其对某某方舟公司履行期限予以认可，根据诚实信用原则，大连某某大学不得再以该理由拒绝支付开发费用。关于验收问题，《合作协议》附件《技术规格书》中规定“由用户指定的第三方对系统软件的功能及技术指标进行测试，测试结果和检查结果符合验收条款要求时，双方在系统验收单上签字确认”，尽管双方当事人没有在系统验收单上签字确认，但大连某某大学的代理人在二审庭审中明确表示只要第三方用户满意就认为验收合格。而且，根据大连某某大学2009年2月15日和2009年2月23日的电子邮件内容，大连某某大学已经通知某某方舟公司派员参加南京航道局组织的整体项目验收。因此，某某方舟公司承担的子项目未经过签字验收的责任并不在于某某方舟公司，而整体项目通过竣工验收可以认定该子项目的验收合格。
大连某某大学抗辩称通过验收的项目系其自行组织人员研发的，但并未提供足够证据予以证明。且从案件事实来看，《合作协议》约定大连某某大学在验收合格后支付40万元开发费用，而大连某某大学于2008年1月15日即某某方舟公司依约完成系统全部功能时已支付20万元开发费用，在某某方舟公司反复催要剩余开发费用时其从未提出过已放弃某某方舟公司开发的软件而由其自行研发，也没有向某某方舟公司提出终止或者解除合同的要求，反而于2009年和2010年仍然向某某方舟公司的工作人员发送电子邮件邀请其参加应用软件系统开发质量测评会及南京某某航道项目的竣工验收会，显然有悖常理。并且，大连某某大学的项目负责人亦认可通过交通部验收的案涉航标遥测遥控系统应用软件使用了某某方舟公司设计的界面。因此，大连某某大学对于其主张的验收项目系其自行研发的抗辩意见举证不能，本院不予采纳。
综上所述，某某方舟公司依约履行了合同项下的义务，大连某某大学未支付剩余费用的行为已构成违约，应当承担支付价款并赔偿损失的法律责任。大连某某大学的上诉理由缺乏事实根据和法律依据，本院不予采纳。原审判决认定事实清楚，适用法律正确。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费4 300元（上诉人已预交），由上诉人大连某某大学负担。
本判决为终审判决。