A. 关于软件著作权和共享协议的问题
合作开发的软件进行著作权登记的，可以由全体著作权人协商确定一名著作权人内作为代表办理容。著作权人协商不一致的，任何著作权人均可在不损害其他著作权人利益的前提下申请登记，但应当注明其他著作权人。因此，如果该公司申请时未注明你的共同著作权人的身份，届时你可以此作为抗辩
B. 共同继承著作权,其中一人受让他们版权并签订版权转让协议是否有效
两个人，共同继承了著作权，两个继承人中的一人，把自己继承部分的著作权，转让给另外一个继承人，他们之间签订的协议，当然是有效的。