1. 如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路
如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路
代谢通路:目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代回谢通路是答建立得最好的,有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。
利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路:
先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。
然后合理地安排EC号。
最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来。
2. 如何确定那些kegg pathway 是次生代谢通路
如何抄利用KEGG定位基因属于哪个代谢通袭路
代谢通路:目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的,有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。
利用如下方法可通过计算建出生物体特有 的代谢通路:
先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。
然后合理地安排EC号。
最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来。
3. 怎样在kegg查找萜类化合为合成通路
何利来用KEGG定位基属于哪自代谢通路
代谢通路:目前通路数据库(PATHWAY database) 代谢通路建立约90参考代谢途径图形每参考代谢途径由酶或EC号组网络
利用通计算机构建物体特 代谢通路:
先根据基序列相似性位置相关性确定基组酶基
合理安排EC号
基组基参照通路用EC号编号基产物 结合起
4. 如何利用KEGG找模式菌的所有氨基酸代谢途径
登陆http://www.genome.jp/kegg
输入抄你要找的氨基酸名称,例袭如找丙氨酸就输入alanine,单击go。
搜代谢途径的话可以在Search后选择KEGG PATHWAY。单击map00???查看代谢途径。
5. 怎么利用kegg数据库分析基因组分析代谢途径
最简单,但是未必最有效的办法,但是最快
抽个样本,把你的目标基因打上标记,然后建立一个模型,比如决策树等等
模型质量不错的情况下跑全库,然后找出分类结果为你目标分类的记录
6. 怎么做基于KEGG的生物通路富集分析
如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路
代谢通路:目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得内最好的,有大约容90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网粻丁纲股蕺噶告拴梗茎络。
利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路:
先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。
然后合理地安排EC号。
最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来。
7. kegg数据库包括哪些代谢通路
基因功能抄定位这个很复杂,可以专门袭开一篇文章了,暂且到此。
假设我们现在有了基因序列及其功能,我们接下来也会知道该基因合成了哪些蛋白,参与了哪些化学反应。
代谢是细胞内各种化学反应的总称,一个代谢途径包括代谢的前提、产物和酶。