1. 英國科學家Sanger因發明了鏈終止DNA測序法而獲諾貝爾獎.其主要內容步驟是:先向DNA復制體系中加入能夠終
(1)讓DNA分子的兩條鏈分開,在體外是採用加熱變性的方法,在活細胞內依靠DNA解旋酶.
(2)由於模板鏈中含N個腺嘌呤脫氧核苷酸,標記物是腺嘌呤脫氧核苷酸,通過上述操作能得到N種長度不同的脫氧核苷酸鏈.
(3)各種長度不同的脫氧核苷酸鏈的分子量不同,因而可以通過電泳將它們分離開來.
(4)鹼基G所在的核苷酸為鳥嘌呤核苷酸,所以若用上述測序方法讀出鹼基G的位置,則必須加入帶標記的鳥嘌呤核苷酸.
(5)按上圖模式每操作1次,能夠測出一條鏈中1種鹼基的位置,DNA分子中有4種鹼基,操作3次就能測出DNA一條鏈上3種鹼基的位置,空位自然是第4種鹼基.再根據鹼基互補配對原則,可推知DNA片段上另一條鏈的鹼基順序.所以從理論上講,只要按上圖模式操作3次,就能測定一段雙鏈DNA中的全部鹼基順序.
故答案為:
(1)解旋酶
(2)N
(3)分子量
(4)鳥嘌呤核苷酸
(5)3
2. 末端終止法測序的原理和方法
末端終止法測DNA序列即SANGER雙脫氧鏈終止法,其原理是:
DNA鏈中核苷酸以3』,5』-磷酸二酯鍵連接,合成DNA所用的底物是 2』-脫氧核苷三磷酸。2』,3』ddNTP與普通dNTP不同,它們在脫氧核糖的3』位置缺少一個羥基。在DNA聚合酶作用下通過三磷酸基團摻入到延伸的DNA鏈中,但由於沒有3』羥基,不能同後續的dNTP形成磷酸二酯鍵,因此,正在延伸的DNA鏈不能繼續延伸。在DNA合成反應混合物的4種普通dNTP中加入少量的一種ddNTP,鏈延伸將與偶然發生但卻十分特異的鏈終止競爭,產物是一系列的核苷酸鏈,其長度取決於引物末端到出現過早鏈終止位置間的距離。在4組獨立酶反應中分別採用4種不同的ddNTP,結果將產生4組寡核苷酸,它們將分別終止於模板鏈的A、C、G或T位置。
3. 可逆末端終止測序法的原理
雙脫氧末端終止法
在模板指導下,聚合酶不斷將dNTP加到引物的3』-OH末端,使引物延長,合成出新的互補的DNA鏈,如果加入雙脫氧三磷酸核苷(ddNTP),由於雙脫氧核糖的3』位置上缺少一個羥基,故不能同後續的dNTP形成磷酸二酯鍵,即形成一種全部具有相同5』-引物端和以ddNMP殘基為3』端結尾的一系列長短不一片段的混合物。採用聚丙烯醯胺凝膠電泳區分長度差一個核苷酸的單鏈DNA,從而讀取DNA的核苷酸序列。
雙脫氧鏈終止法是現在應用最多的核酸測序技術,由Sanger等1977年提出。
其原理是:核酸模板在核酸聚合酶、引物、四種單脫氧鹼基存在條件下復制或轉錄時,如果在四管反應系統中分別按比例引入四種雙脫氧鹼基,只要雙脫氧鹼基摻入鏈端,該鏈就停止延長,鏈端摻入單脫氧鹼基的片段可繼續延長。如此每管反應體系中便合成以共同引物為5』端,以雙脫氧鹼基為3』端的一系列長度不等的核酸片段。反應終止後,分四個泳道進行電泳。以分離長短不一的核酸片段(長度相鄰者僅差一個鹼基),根據片段3』端的雙脫氧鹼基,便可依次閱讀合成片段的鹼基排列順序。
(一) Sanger雙脫氧鏈終止法(酶法)測序程序 操作程序是按DNA復制和RNA反轉錄的原理設計的。
分離待測核酸模板,模板可以是DNA,也可以是RNA,可以是雙鏈,也可以是單鏈。
2.在4隻試管中加入適當的引物、模板、4種dNTP(包括放射性標記dATP,例如?32 PdATP和DNA聚合酶(如以RNA為模板,則用反轉錄酶),再在上述4隻管中分別加入一種一定濃度的ddNTP(雙脫氧核苷酸)。
3.與單鏈模板(如以雙鏈作模板,要作變性處理)結合的引物,在DNA聚合酶作用下從5』端向3』端進行延伸反應,32P隨著引物延長摻入到新合成鏈中。當ddNTP摻入時,由於它在3』位置沒有羥基,故不與下一個dNTP結合,從而使鏈延伸終止。ddNTP在不同位置摻入,因而產生一系列不同長度的新的DNA鏈。
4.用變性聚丙烯醯胺凝膠電泳同時分離4隻反應管中的反應產物,由於每一反應管中只加一種ddNTP(如ddATP),則該管中各種長度的DNA都終止於該種鹼基(如A)處。所以凝膠電泳中該泳道不同帶的DNA 3』 末端都為同一種雙脫氧鹼基。
5.放射自顯影。根據四泳道的編號和 每個泳道中DNA帶的位置直接從自顯影圖譜上讀出與模板鏈互補的新鏈序列。
4. 雙脫氧末端終止法測序的基本步驟包括哪些
以雙鏈DNA測序為例,雙脫氧末端終止法的基本步驟包括:變性雙鏈模板的制備和延伸和終止反應。
1、變性雙鏈模板的制備
① 取1.5ml處於對數生產期的培養菌液(含有待測病毒核酸的重組質粒模板),離心除去上清液後,用150ml Tris/葡萄糖緩沖液重懸菌團,在室溫下放置5分鍾。
② 加入300ml的1%SDS,0.2mol/L NaOH,顛倒混合約15次,在室溫下放置15分鍾,加入225ml 3mol/L醋酸鈉(pH4.5),顛倒約15次混合,在冰浴中放置45分鍾,離心5分鍾。
③ 將650ml上清液轉移至一支新管中,加入650ml異丙醇,混合後在室溫下放置10分鍾,離心5分鍾後棄去異丙醇,抽真空乾燥沉澱。
④ 用125ml TE(pH 8.0)重新溶解DNA,加入375ml的4mol/L LiCl,在冰浴中放置20分鍾後,於4℃下離心5分鍾。
⑤ 將上清液轉移至一支新管中用飽和苯酚抽提後再用氯仿抽提,加入2倍體積的異丙醇,在室溫下沉澱30分鍾,離心5分鍾,棄去上清液。
⑥ 用冰冷的70%乙醇洗沉澱,離心5分鍾,棄去上清液並乾燥,用50ml TE緩沖液重新溶解沉澱。用紫外分光光度計測定質粒DNA含量。
⑦ 取0.2mg質粒DNA,並將體積調至9ml,加入1ml 2mol/L NaOH,2mmol/L EDTA,在室溫下放置5分鍾,加入2ml 30mol/L醋酸鈉(pH 4.5)和8ml水。
⑧ 加入6ml冰冷無水乙醇,混合後在乾冰/乙醇浴中放置15分鍾,在4℃下離心5分鍾,小心地棄去上清液,用冰冷的70%乙醇洗沉澱,離心5分鍾並小心地棄去上清液,真空抽干沉澱,並用TE緩沖液重新溶解沉澱。
2、延伸和終止反應
以利用T7DNA聚合酶進行的雙脫氧鏈終止反應為例。
① 取4支0.5ml小離心管,標上G、A、T、C,每管加入7ml變性的雙鏈DNA模板(分別為1和2mg),1ml寡核苷酸引物和2ml 5×測序緩沖液混合,65℃保溫2分鍾,在室溫下冷卻30分鍾。
② 每管加入1ml 0.1mol/L DTT,2ml 1.5mol/L 3種dNTP混合物,0.5ml32P dATP和2ml(2IU)修飾的T7DNA多聚酶混合物,在室溫下放置5分鍾。
③ 按標記每管分別加入3ml 4種ddNTP終止混合物的一種。
④ 短促離心後,在37℃下保溫5分鍾。
⑤ 加入5ml甲醯胺上樣緩沖液,上樣前在80℃下加熱2分鍾,並迅速置於冰浴上,每個樣品取3ml,上樣電泳。
⑥讀取合成鏈的核苷酸序列。
(4)發明了鏈終止法進行測序擴展閱讀
延伸和終止反應中測序反應物電泳和序列讀取的注意事項:
(1) 按普通聚丙烯醯胺凝膠製作方法製作梯度膠。
(2) 按G、A、T、C次序加入每種樣品,在G、A和T各泳道上樣1ml,而在C泳道上樣1.5ml。
(3) 上樣完畢加壓1700V電泳,根據樣品中溴酚藍和二甲苯青染料遷移情況確定電泳時間。
(4) 電泳完畢,在10℃冰醋酸中漂洗30分鍾脫去尿素。
(5) 在60℃或80℃乾燥30分鍾後,放射自顯影讀取序列。
5. 雙脫氧末端終止法測序原理
DNA鏈中核苷酸以3』,5』-磷酸二酯鍵連接,合成DNA所用的底物是 2』-脫氧核苷三磷酸。2』,3』ddNTP與普通dNTP不同,它們在脫氧核糖的3』位置缺少一個羥基。在DNA聚合酶作用下通過三磷酸基團摻入到延伸的DNA鏈中,但由於沒有3』羥基,不能同後續的dNTP形成磷酸二酯鍵,因此,正在延伸的DNA鏈不能繼續延伸。在DNA合成反應混合物的4種普通dNTP中加入少量的一種ddNTP,鏈延伸將與偶然發生但卻十分特異的鏈終止競爭,產物是一系列的核苷酸鏈,其長度取決於引物末端到出現過早鏈終止位置間的距離。在4組獨立酶反應中分別採用4種不同的ddNTP,結果將產生4組寡核苷酸,它們將分別終止於模板鏈的A、C、G或T位置
6. 鏈終止法dna測序技術有何特點
鏈終止法又叫雙脫氧末端測序法,特異性高,可區分一個鹼基的差別,四色熒光,末端終止
7. 雙脫氧鏈終止法的原理
雙脫氧鏈終止法是現在應用最多的核酸測序技術(也即第一代DNA測序技術),由Sanger等1977年發明提出。主要用於DNA基因分析。其原理是:
核酸模板在核酸聚合酶、引物、四種單脫氧鹼基存在條件下復制或轉錄時,如果在四管反應系統中分別按比例引入四種雙脫氧鹼基,只要雙脫氧鹼基摻入鏈端,該鏈就停止延長,鏈端摻入單脫氧鹼基的片段可繼續延長。
如此每管反應體系中便合成以共同引物為5』端,以雙脫氧鹼基為3』端的一系列長度不等的核酸片段。反應終止後,分四個泳道進行電泳。以分離長短不一的核酸片段(長度相鄰者僅差一個鹼基),根據片段3』端的雙脫氧鹼基,便可依次閱讀合成片段的鹼基排列順序。
Sanger雙脫氧鏈終止法(酶法)測序程序 操作程序是按DNA復制和RNA反轉錄的原理設計的。
1.分離待測核酸模板,模板可以是DNA,也可以是RNA,可以是雙鏈,也可以是單鏈。
2.在4隻試管中加入適當的引物、模板、4種dNTP(包括放射性標記的ddNTP,例如32P ddNTP和DNA聚合酶(如以RNA為模板,則用反轉錄酶),再在上述4隻管中分別加入一種一定濃度的ddNTP(雙脫氧核苷酸)。
3.與單鏈模板(如以雙鏈作模板,要作變性處理)結合的引物,在DNA聚合酶作用下從5』端向3』端進行延伸反應,32P隨著引物延長摻入到新合成鏈中。當ddNTP摻入時,由於它在3』位置沒有羥基,故不與下一個dNTP結合,從而使鏈延伸終止。ddNTP在不同位置摻入,因而產生一系列不同長度的新的DNA鏈。
4.用變性聚丙烯醯胺凝膠電泳同時分離4隻反應管中的反應產物,由於每一反應管中只加一種ddNTP(如ddATP),則該管中各種長度的DNA都終止於該種鹼基(如A)處。所以凝膠電泳中該泳道不同帶的DNA 3』 末端都為同一種雙脫氧鹼基。
5.放射自顯影。根據四泳道的編號和每個泳道中DNA帶的位置直接從自顯影圖譜上讀出與模板鏈互補的新鏈序列。
8. 英國科學家Sanger因發明了鏈終止DNA測序法而再獲諾貝爾獎.通過向DNA復制體系中加入能夠終止新鏈延伸的某
(1)DNA分子兩條鏈之間通過氫鍵連接,所以實驗操作的第一步是通過加熱破壞從而使DNA分子的雙鏈打開,在細胞中這是在解旋酶的作用下完成的.
(2)根據鹼基互補配對原則,由於模板鏈的鹼基序列是ATGATCCTG,所以對應合成的最長新鏈的鹼基序列是TACTAGGAC.
(3)據圖分析,要通過以上操作精確地測出DNA鏈上每一個鹼基的位置,電泳分離結果必須能把長度只差一個鹼基(或脫氧核苷酸)的DNA鏈區分開來.
(4)由於鳥嘌呤G與胞嘧啶C配對,所以要從電泳結果直接讀出上圖模板鏈中鳥嘌呤的位置,進行以上操作時,必須加入帶標記的胞嘧啶脫氧核苷酸類似物.由於模板鏈上只有2個鳥嘌呤,所以擴增後將產生2種帶標記的新鏈.
(5)由於經過3次操作可以測出DNA片段的一條鏈上三種鹼基的位置,剩下空位就是第四種鹼基的位置;再根據鹼基互補配對原則,可推知DNA另一條鏈的鹼基順序.因此,採用鏈終止法測定一段DNA雙鏈中的全部鹼基順序,最少要按圖中所示模式操作3次.
故答案為:
(1)氫鍵解旋酶
(2)TACTAGGAC
(3)長度只差一個鹼基(或脫氧核苷酸)的DNA鏈
(4)①加入胞嘧啶脫氧核苷酸類似物(或ddCMP)
②2種 因為模板鏈上只有2個鳥嘌呤(或新鏈上只有2個胞嘧啶)
(5)經過3次操作可以測出DNA片段的一條鏈上三種鹼基的位置,剩下空位就是第四種鹼基的位置;再根據鹼基互補配對原則,可推知DNA另一條鏈的鹼基順序
9. 雙脫氧鏈終止法的Sanger雙脫氧鏈終止法(酶法)測序程序
(一) Sanger雙脫氧鏈終止法(酶法)測序程序 操作程序是按DNA復制和RNA反轉錄的原理設計的。
1.分離待測核酸模板,模板可以是DNA,也可以是RNA,可以是雙鏈,也可以是單鏈。
2.在4隻試管中加入適當的引物、模板、4種dNTP(包括放射性標記的ddNTP,例如32P ddNTP和DNA聚合酶(如以RNA為模板,則用反轉錄酶),再在上述4隻管中分別加入一種一定濃度的ddNTP(雙脫氧核苷酸)。
3.與單鏈模板(如以雙鏈作模板,要作變性處理)結合的引物,在DNA聚合酶作用下從5』端向3』端進行延伸反應,32P隨著引物延長摻入到新合成鏈中。當ddNTP摻入時,由於它在3』位置沒有羥基,故不與下一個dNTP結合,從而使鏈延伸終止。ddNTP在不同位置摻入,因而產生一系列不同長度的新的DNA鏈。
4.用變性聚丙烯醯胺凝膠電泳同時分離4隻反應管中的反應產物,由於每一反應管中只加一種ddNTP(如ddATP),則該管中各種長度的DNA都終止於該種鹼基(如A)處。所以凝膠電泳中該泳道不同帶的DNA 3』 末端都為同一種雙脫氧鹼基。
5.放射自顯影。根據四泳道的編號和每個泳道中DNA帶的位置直接從自顯影圖譜上讀出與模板鏈互補的新鏈序列。