甲基化发明者

1. 为什么DNA的m5C去甲基化酶发现比较困难

建议你去参考这篇文献《DNA甲基化和去甲基化的研究现状及思考》

文献的结语段说明:
表观遗传现象极其复杂。
一方面需要杰出的科学家们继续创造性的工作,已经是DNA甲基化等表观遗传网络启动,扩展,维持,去除的基本规律。
另一方面，还需要投入相当的资源,发展灵敏可靠的低成本单细胞组学分析技术,剖析DNA甲基化等在影响疾病发生,评价环境因素安全,增加农作物产量和抗病能力中的作用及机制。

2. 什么是限制性内切酶有何特点它的发现有何特殊意义

限制性核酸内切酶是可以识别特定的核苷酸序列，并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶，简称限制酶。根据限制酶的结构，辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，分别是第一型（Type I）、第二型（Type II）及第三型（Type III）。Ⅰ型限制性内切酶既能催化宿主DNA的甲基化，又催化非甲基化的DNA的水解；而Ⅱ型限制性内切酶只催化非甲基化的DNA的水解。III型限制性内切酶同时具有修饰及认知切割的作用。
限制作用实际就是限制酶降解外源DNA ，维护宿主遗传稳定的保护机制。甲基化是常见的修饰作用，可使腺嘌呤A和胞嘧啶C甲基化而受到保护。通过甲基化作用达到识别自身遗传物质和外来遗传物质的目的。所以，能产生防御病毒侵染的限制酶的细菌，其自身的基因组中可能有该酶识别的序列，只是该识别序列或酶切位点被甲基化了。

3. 查他汀类药物合成方法一个，主要查专利

申请号：200410024320.7
辛伐他汀合成新方法
摘要：本发明涉及一种方便有效地通过甲基化路线合成辛伐他汀的新方法。这种方法主要包括用新型保护剂六烷基二硅脲保护羟基,保护反应中可不采用咪唑等任何催化剂。尤其是采用双-(三甲基硅)脲保护剂,甲基化后自动水解脱落,简化了工艺,降低了成本。辛伐他汀酸直接喷雾干燥,干燥的同时闭环内酯化,生成高质量辛伐他汀;还提供了辛伐他汀中微量杂质(如二聚体等)的吸附纯化方法。
申请人：山东鲁抗医药股份有限公司
地址： 272021山东省济宁市市中区太白西路173号

4. 生物信息学领域中，有哪些不得不知道的大牛教授/研究者

genomics或者说测序依然是很大的领域，其中的方向细分依然是很多的。genomics整体可以分成两大类，一类主要做方法，一类主要做生物。前者一般使用public data做一些方法，后者主要使用现有的技术研究生物问题。如果说大牛一般都在后一类里面。但是也会有很多不同的方向，比如研究rna的，dna的，基因调控的。所以最好根据自己关注的方向去找。

一个很直接找genomic方向大牛的方法就是看encode，roadmap和4D nuckesomes这些大genomic cobsortium的主要pi。当然也有很多牛人不在这些项目里面。下面简单说几个比较熟悉的，欢迎纠正和补充。

Eric Lander

Broad的创始人，人类基因组计划发起人之一，不过现在自己lab似乎不做大多了，但很多broad的paper还会挂名。

John Rinn

Broad的PI，研究lncRNA。最早发现了H19。

Michell Guttman

Eric Lander的学生，和John Rinn一起发现了lncRNA，在clatech独立不久。

Howard Chang

主要研究RNA，John Rinn的postdoc老板。

Michael Synder

研究基因调控，具体方向很多，组特别大。

Job Dekker

3D genome领域的开拓者，3C，5C和HiC的发明者。

Bing Ren

最早开发了chip-chip技术，研究enhancer，现在做更多3D genome。

Joe Ecker

最早是植物领域的大牛，后来转到做甲基化。

Chuan He

化学出身，之前做DNA甲基化，现在开创了RNA甲基化的新领域。

Mark Gersrein

比较少的主要做计算的大牛，各种network和system biology

Menolis Kellis

Eric Lander的学生，主要做计算也做实验，各种consortium都很活跃。

John Stam

名字很长很难写，主要做DHS，当然还有很多其他方向。

Shirely Liu

主要做计算，lab开发了MACS

5. 陈庆云的人物生平

1952年北京大学化学系毕业。同年被分配到中国科学院长春光学仪器研究所工作。
1956年赴苏联科学院元素有机化合物研究所学习。
1960年获副博士学位后回国，到中科院化学研究所工作。
1963年后，历任中科院上海有机化学研究所副研究员、氟化学研究室主任、《有机化学》副主编、研究员、博士生导师。
1991年至今担任《有机化学》主编。
1991年至1998年为国际纯粹与应用化学学会(IPUAC)中国代表。
1993年当选为中国科学院化学部委员，次年改称中科院院士。
1997年至今担任《Molecules》杂志编委。
2004年获何梁何利科技进步奖。
迄今，陈庆云先生已经发表学术论文240多篇，培养了30余名博士和硕士。
长期从事有机氟化学研究工作。50年代对六氟丙酮的反应的研究后发现一个制备六氟双酚的方法获苏联专利；后侧重于全氟和多氟烷基磺酸及电单子转移反应的研究。发现13个二氟卡宾前体，其中5个可作为三氟甲基化试剂。近十年来系统研究全氟碘代烷在多种金属、亲核试剂或紫外光引发下的单电子转移反应，成功地将全氟烷基引入研究分子，为含氟材料和有机氟化学作出了贡献。
领导并参加研制的“新型烙雾抑制剂(F-53)”获1982年国家发明三等奖；“有机氟化学和自由基化学的研究”获1982年国家自然科学二等奖。撰有《由氟砜基二氟甲基乙酸甲酯形成二氟卡宾和氟砜基二氟甲基阴离子》等论文150多篇 。
生平
陈庆云，1929年1月25日出生于湖南省沅江县。1952年毕业于北京大学化学系。1956年在前苏联科学院元素有机化合物研究所作研究生，师从克鲁扬茨院士，专攻有机氟化学。他对六氟丙酮的反应作了开创性研究，其中六氟双酚A的合成获前苏联专利。这是一个极为有用的高分子单体，他所发明的方法一直被世界各国沿用至今。1960年他获副博士学位后回国。先在中国科学院化学研究所，后在中国科学院上海有机化学研究所从事含氟烯烃的合成及其调聚反应、含氟润滑油、含氟表面活性剂和新型致冷工质等研究氟材料的研制工作，均获成功。曾获中国科学院和上海市多项科研成果奖，其中“防铬雾剂F-53的研制”获国家发明三等奖。
1978年他开始转向有机氟化学基础理论研究。在全氟和多氟磺酸研究中，首次观察到亲核试剂与全氟磺酸烷基酯反应时，碳氧键和硫氧键的断裂同时存在，但以前者为主；而与全氟磺酸全氟烷基酯反应，则后者是唯一的断裂方式。陈庆云把这一现象归因于氟原子上弧电子对的屏蔽效应，为全氟烷烃不能发生SN2反应提供了理论依据。
通过多年潜心研究，陈庆云和他的学生发现了18个二氟卡宾前体，这些前体可以在中性甚至强酸性介质中产生。而不是在强碱中产生，这是没有先例的。通过二氟卡宾实现对卤代烃的三氟甲基化是当前有机化学的研究热点之一，陈庆云小组为此提供了一套全面、完整的三氟甲基化的方法。最近又成功地将三氟甲基引入甾体，可望成为一类新药。

6. 哪些物种中发现了印记基因

DNA甲基化的生物学作用 DNA甲基化与遗传印记、胚胎发育 DNA甲基化在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育过程中起着极其重要的作用。研究表明胚胎的正常发育得益于基因组DNA适当的甲基化。例如：缺少任何一种甲基转移酶对小鼠胚胎的发育都是致死性的。此外，等位基因的抑制(allelic repression)被印记控制区(imprinting control regions, ICRs)所调控,该区域在双亲中的一个等位基因是甲基化的。印记基因的异常表达可以引发伴有突变和表型缺陷的多种人类疾病。 2 DNA甲基化与肿瘤甲基化状态的改变是引起肿瘤的一个重要因素,这种变化包括基因组整体甲基化水平降低和CpG岛局部甲基化水平的异常升高,从而导致基因组的不稳定(如染色体的不稳定、可移动遗传因子的激活、原癌基因的表达)和抑癌基因的不表达。如果抑癌基因中有活性的等位基因失活，则发生癌症的机率提高,例如：胰岛素样生长因子-2（IGF-2）基因印记丢失导致多种肿瘤,如。目前肿瘤甲基化的研究主要集中在抑癌基因。这是因为人们发现肿瘤的发生可能与抑癌基因启动子区的CpG岛甲基化造成抑癌基因关闭有关。由于CpG岛的局部高度甲基化早于细胞的恶性增生，因此甲基化的诊断可以用于肿瘤发生的早期预测，而且全基因组的低甲基化也随着肿瘤发生而出现，并且其随着肿瘤恶性度的增加而显著，因此甲基化的检测可用于肿瘤的分级。

7. 组蛋白修饰的DNA甲基

在引起基因沉默的过程中，沉默信号（DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重新装配）是如何进行的?谁先谁后?这是一个“鸡和蛋”的问题，目前仍处于研究阶段，还没有定论。研究发现DNA甲基化和组蛋白乙酰化是一个相互促进、加强的过程，如许多HDAC可以和DNMTl、3a、3b相互作用；而甲基化CpG结合蛋白— 2(methylcytosinebindingprotein—2，MeCP—2）又可以和HDAC相互作用。这种作用方式提示着这两种方式中任何一种的存在都可以引起另一种修饰方式的起始。
沉默信号如何进行?它们发生的顺序如何?早期的研究多来源于对非哺乳动物生物的研究。Tamaru在链孢霉属（Neurospora)CTaSSa中研究发现，H3K9组蛋白甲基化转移酶的突变，会引起DNA甲基化的丢失，这暗示着组蛋白甲基化可以起始DNA甲基化。Tariq在Arabidopsis中研究也发现，CpNpG甲基化依赖于组蛋白甲基化。以上证据都暗示着，组蛋白甲基化对DNA甲基化有指导作用。
然而在哺乳动物细胞中，这种现象还有待于进一步研究。早期研究发现，体外甲基化的CpG片段稳定整合到哺乳动物基因组中以后，可以与含甲基化CpG结合结构域（methylbindingdomain，MBD）蛋白（包括MeCP—1和MeCP—2等）结合，进而可以招募包括HDAC的抑制复合物。进一步研究还发现，人MLH基因的甲基化可以引发特异的组蛋白密码组合，以保持基因沉默状态。研究者通过使用DNA甲基化酶抑制剂5—氮杂胞苷（5—Aza），而不使用组蛋白乙酰化酶抑制剂制滴菌素A(trlcostatmA，TSA），可以导致组蛋白甲基化修饰方式的缺失。从这些结果可以看出，在哺乳动物中，组蛋白修饰似乎又是DNA甲基化发生以后的事件。但Bachman在哺乳动物中敲除p16基因时发现，染色质修饰并不完全依赖于最初的DNA甲基化。同时，Mutskov和Felsenfeld的结果也支持了这个理论，他们认为组蛋白修饰是ILR2基因沉默的早期事件，启动子区的甲基化是一个逐步增加的过程，DNA甲基化的建立是为了长期维持基因沉默，而不是起始它。
从以上的结果可以看出，表观遗传学过程是复杂的和多层面的，不同的表观遗传修饰也可能存在区域或信号途径的特异性，有很多未知的东西有待于进一步研究。

8. 人类的极限寿命到底是多大

近年来，我们经常可以看到科学家们在不断预测人类的寿命极限：120、150……甚至有美国科学家预测本世纪末我们能活到200岁。这些预测，让很多人产生了这样的疑问：到底人类能活多久？怎样才能长寿？带着这些问题，本报记者采访了国内外的科学家及研究机构，对世界长寿研究的最新进展做了初步了解。到底什么叫长寿活到多少岁才算长寿？卫生部北京老年医学研究所遗传室主任杨泽教授告诉记者，目前，国际上一般认为，90岁以上为长寿，80岁叫高龄，65岁以上算老年。目前来看，我国人口的长寿比例是十万分之二，而位于我国的两大世界长寿乡广西巴马和新疆和田，长寿比例分别为十万分之三十五和十万分之六十七。德国长寿医学研究中心负责人迪特·普罗格教授告诉本报记者，一般认为，人类的自然寿命在100岁以上是确切无疑的。人的寿命，主要通过内外两大因素实现。内因是基因，外因是环境和生活习惯。内因：基因研究逐渐明朗“长寿研究近百年来才开始科学化；近10年来，长寿研究逐步取得突破。”迪特·普罗格教授告诉记者，德国科学家用15年的时间，调查了576名百岁老人，结果发现，他们的父母死亡时的平均年龄比一般人多9—10岁。因此，科学家们认为，长寿的遗传因素非常重要。他说，目前，长寿研究已成为一个跨领域、发展迅速的研究科目。在欧洲科学家看来，衰老是一种多基因的复合调控过程，表现为染色体端粒长度改变、DNA损伤、DNA甲基化和细胞氧化等。这些因素综合作用，影响了寿命的长短。当前，科学家研究的重点主要集中在两方面：1.寻找“长寿基因”。在采访中，专家们主要谈到了两个研究方向。一是“4号染色体”。欧洲科学家认为，“4号染色体”上有长寿基因，如果能发明出刺激长寿基因的药物，就能减缓人类衰老的速度。在国内，科学家们也在做同样的研究。杨泽教授告诉记者，从2004年开始，他们在对广西巴马的长寿老人进行研究时发现，这些老人的4号染色体上可能存在长寿遗传基因。接下来，他们计划用2—3年的时间找到这些基因，并且研究它们的具体生理功能。“如果成功的话，对整个中国人群都有借鉴意义。”杨泽教授说。二是载脂蛋白E。这种基因分为2、3、4三种亚型，其中2型和3型均能延迟发病年龄，降低发病率，促进寿命增长。法国和意大利等国的科学家普遍认为，主要是载脂蛋白E2基因在对人的寿命起延长作用；在我国，杨泽教授等科学家通过研究发现，长寿老人体内的载脂蛋白E3比较多，占到了80%—90%的比例，这也是巴马长寿老人的遗传标志。如何刺激它们更好地发挥作用，将是科学家们下一步的工作重点。除此之外，还有研究发现，用转基因技术可以增加人体细胞的增殖能力，延长细胞寿命；有的研究则显示，给老化肌肉注入新基因能让人恢复青春活力。2.抑制“减寿基因”。说到这一点，人们最熟悉的要算自由基了。老年医学研究所老年保健品功能评价室主任胡刚教授告诉记者，目前，国际上基本认定，自由基对人体的损伤是导致人类寿命变短的重要因素之一。

9. 什么是表观遗传学，简述其研究进展

表观遗传学，研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达的可遗传的变化的一门遗传学分支学科。

发展

一直以来人们都认为基因组DNA决定着生物体的全部表型，但逐渐发现有些现象无法用经典遗传学理论解释，比如基因完全相同的同卵双生双胞胎在同样的环境中长大后，他们在性格、健康等方面会有较大的差异。

这说明在DNA序列没有发生变化的情况下，生物体的一些表型却发生了改变。因此，科学家们又提出表观遗传学的概念，它是在研究与经典遗传学不相符的许多生命现象过程中逐步发展起来的一门前沿学科，它是与经典遗传学相对应的概念。

人们认为，基因组含有两类遗传信息，一类为传统意义上的遗传信息，即基因组DNA序列所提供的遗传信息，另一类则是表观遗传学信息，即基因组DNA的修饰，它提供了何时、何地、以何种方式去应用DNA遗传信息的指令。

(9)甲基化发明者扩展阅读

表观遗传特点

1、可遗传，即这类改变通过有丝分裂或减数分裂，能在细胞或个体世代间遗传。

2、可逆性的基因表达。

3、没有DNA序列的改变或不能用DNA序列变化来解释。

在生物学中，表观遗传学这个名词为基因表达中的多种变化。这种变化在细胞分裂的过程中，有时甚至是在隔代遗传中保持稳定，但是不涉及到基本DNA的改变。

这个概念意味着即使环境因素会导致生物的基因表达出不同，但是基因本身不会发生改变。表观遗传学在真核生物中的变化主要被举例为细胞分化过程中干细胞分化成与胚胎有关的多种细胞这一过程。这个过程通过一些可能包含某些基因的沉默，移除某些基因上沉默的标志并且永久的失活于其他基因的机制变得稳定。

10. 分子生物学上的最新发现

人要靠穿靴戴帽、描眉涂唇修饰自己，DNA分子也会自我修饰，而且这种修饰很可能与生命活动息息相关。中科院院士、上海交大教授邓子新领衔的科研团队，联合英美科学家，在众多细菌DNA分子上发现了一种新的硫（S）修饰，相关论文近期在国际微生物领域顶级刊物《分子微生物学》上发表。

论文评审员指出，该论文阐明了一项长期令人迷惑不解的DNA不稳定现象的分子机理，预示着新的生物学功能的发现。

DNA分子研究是生物科学最为引人注目的研究领域之一。DNA是生命的物质基础，由五种元素———碳、氢、氧、氮、磷构成的四种核苷酸序列，编码着自然界千变万化的遗传现象，贮存着生物界无穷无尽的遗传信息资源。在基本的DNA骨架之外，DNA还会“自我修饰”。这是分子生物学科的一个专门领域，构成对DNA结构的重要补充，其中同样蕴涵神秘的遗传学意义，世界上为此类研究倾注毕生精力的科学家数以万计。

邓子新告诉记者，在DNA修饰研究领域，第一项重大发现是诞生于上世纪50年代的“DNA甲基化限制修饰系统”。这种DNA修饰，可以限制外来生物入侵，使生物体保护自身遗传稳定性。举个例子，两军作战，一支队伍穿上统一的服装，就能与另一支队伍区别开来，而不会误伤自己人。这项发现在后来分子生物学与基因工程的研究中发挥了重要作用。

DNA分子的硫修饰，是DNA甲基化修饰系统之外的又一项新发现。DNA分子的不稳定现象在实验中会经常遇到，却很容易被普遍解读为因DNA提取操作不当造成。但邓子新团队偏要“一意孤行”：有没有可能是因为DNA本身结构变化而造成不稳定呢？沿着这条思路，团队从上世纪80年代末开始实验研究，各种实验难以计数，其间也走过不少弯路，还经历了来自方方面面的质疑，最终发现DNA分子不稳定现象“毛病”出在其自身，因为DNA分子产生了硫修饰。

DNA分子硫修饰的发现，为生物学研究打开了又一扇大门。邓子新说，推开大门，一个又一个谜需要探究。例如，DNA分子为何要进行硫修饰？与人类健康、医疗究竟会产生怎样的关联？那些致毒致病的“元凶”会否与它们DNA分子的硫修饰有关？专家认为，DNA硫修饰后新结构及生物学意义的阐明，将丰富分子生物学的基础理论，也可能推动相关生物学领域的研究，如了解DNA损伤，癌症治疗因子的作用机理等。

1. 分子生物学的诞生

分子生物学是在分子水平上研究生命现象的物质基础的科学。主要研究蛋白质和核酸等生物大分子的结构与功能，其中包括对各种生命过程，如光合作用、肌肉收缩、神经兴奋和遗传特征传递等的研究，并深入到分子水平对它们进行物理、化学分析。目前，分子生物学已成为现代生物学发展的主流，它所取得的成果，已在实际工作中获得某些重要的应用，为工农业及医药事业开辟了前所未有的广阔前景。

1953年沃森和克里克提出了遗传物质——DNA的双螺旋结构模型，这是生物学中的一次伟大革命。60年代又搞清了核酸、蛋白质、酶等生物大分子的结构，同时揭示了遗传密码和核酸信息控制蛋白质特异结构的合成机制，由此建立了生物遗传变异的信息概念。这表明从病毒、细菌、动植物到人类都具有一套共同的遗传密码、共同的信息符号。50年代“中心法则”的提出，70年代逆转录酶的发现，以及重组DNA技术的建立，为分子生物学的发展开辟了新的前景。这些成就，不仅为在分子水平上研究复杂的基因调节控制提供重要手段，而且在分子生物学的基础上，产生了一个新的技术科学领域——遗传工程，它已为人类定向改变生物遗传性状与创造新物种开辟了新途径。

本世纪50年代，随着蛋白质和核酸的化学结构测定方法的进展，人们发现只要把不同种属生物体内起相同作用的蛋白质或核酸的结构进行比较，根据蛋白质或核酸在结构上差异的程度，就可以确定不同种属的生物在亲缘关系上的远近。亲缘关系越近的种属，其蛋白质或核酸的结构越相似；反之，其差异越大。据此，能得到反映生物进化的谱系。蛋白质分子细胞色素C在各种呼吸氧气的物种细胞中均能找到。分析它就能知道不同物种的亲缘关系。目前已对100多种生物的细胞色素C的化学结构进行了测定，并借助计算机测定出平均700万年改变一个氨基酸残基。据此可以分析判断，较高等的生物大约在25亿万年前同细菌分离。同样，大约在15亿年前植物和动物有共同的祖先。大约在10亿年前昆虫和脊椎动物有共同的祖先。对100多种生物的细胞色素C的化学结构进行比较后，已画出了部分生物种属的进化谱系。运用这种方法来确定物种间的亲缘关系，要比过去依靠形态和解剖上的差异来确定有着更大的优越性。它不仅使得形态结构上非常简单的微生物的进化有了判断的依据，而且更能反映出生命活动的本质，更为精确地推算出物种趋异的时间。

2. 脑科学的进展

近年来，脑科学的研究取得了一系列新进展。主要有：（1）发现与某种思维活动相应的大脑区域，利用正电子层析摄影手段发现：人们辩别音符时用左脑，而在记住乐曲时多半用右脑；（2）脑电波与思维活动有一定的对应关系，可以从电波分析思维的内容；（3发现大脑内影响思维的生化物质——促肾上腺皮质激素和促黑素细胞激素能对思维产生重要影响；（4）对裂脑人的研究，发现大脑两个半球的分工，左半球主要从事逻辑思维，右半球主要从事形象思维、空间定位、图象识别、色彩欣赏等。还发现了裂脑科学的这些成就，从理论上提出了一些新观点。如：思维的大脑神经回路说，思维互补说等。这些新成就和新观点，对工人智能的研究有着重要意义。